Dendrotoxin là ~ 7kDa protein bao gồm một chuỗi peptide duy nhất khoảng 57-60 axit amin. Một số tương đồng của alpha-dendrotoxin đã được phân lập, tất cả đều sở hữu một trình tự hơi khác nhau. Tuy nhiên, kiến trúc phân tử và cấu trúc gấp của các protein này đều rất giống nhau. Dendrotoxin sở hữu rất ngắn 310-helix gần N-terminus của peptide, trong khi hai lượt alpha-helix xảy ra gần C-terminator. Một antiparallel hai sợi -sheet chiếm phần trung tâm của cấu trúc phân tử. Hai sợi này được kết nối bởi một vùng-méo [2] đó được cho là quan trọng đối với hoạt động liên kết của protein. Tất cả các dendrotoxin được liên kết chéo bởi ba cầu disulfide, giúp tăng tính ổn định cho protein và đóng góp rất lớn vào cấu trúc cấu trúc của nó. Dư lượng cysteine hình thành các liên kết disulfide này đã được bảo tồn trong số tất cả các thành viên của họ dendrotoxin, và được đặt tại C7-C57, C16-C40 và C32-C53 (đánh số theo alpha-dendrotoxin).

Các dendrotoxin có cấu trúc tương đồng với Kunitz - loại chất ức chế protease serine, bao gồm chất ức chế trypsin tuyến tụy (BPTI). Alpha-dendrotoxin và BPTI đã được chứng minh là có 35% danh tính trình tự cũng như các liên kết disulfide giống hệt nhau. Mặc dù có sự tương đồng về cấu trúc giữa hai loại protein này, nhưng dendrotoxin dường như không thể hiện bất kỳ hoạt động protease ức chế có thể đo lường nào như BPTI. Sự mất hoạt động này dường như là kết quả của việc không có dư lượng axit amin chính tạo ra sự khác biệt về cấu trúc gây cản trở các tương tác chính cần thiết cho hoạt động protease được thấy trong BPTI.

Dendrotoxin là các protein cơ bản có lưới điện tích dương khi có trong trung tính pH. Hầu hết các dư lượng axit amin tích điện dương của dendrotoxin nằm ở phần dưới của cấu trúc, tạo ra một miền ic cation ở một bên của protein. Kết quả điện tích dương từ dư lượng lysine (Lys) và arginine (Arg) tập trung ở ba vùng chính của protein: gần đầu N (Arg3, Arg4, Lys5), gần C- bến cuối (Arg54, Arg55) và tại khu vực quay β vòng hẹp (Lys28, Lys29, Lys30).[3] Người ta tin rằng các dư lượng tích điện dương này có thể đóng một vai trò quan trọng trong hoạt động liên kết dendrotoxin, vì chúng có thể tạo ra các tương tác tiềm năng với các vị trí anion (axit amin tích điện âm) trong lỗ chân lông của các kênh kali.